Род Годуновых выдвинулся в годы опричнины при Иване Грозном. Борис, будущий царь, начал службу при дворе, а его сестра Ирина стала женой царевича Федора, сына грозного царя. После смерти Ивана IV и воцарения слабого здоровьем Федора Иоанновича, Борис Годунов, как шурин государя, стал фактическим правителем государства.
Правление Федора было отмечено укреплением границ и важными церковными решениями, но царь не оставил наследника. После его кончины в 1598 году Земский собор избрал на царство Бориса Годунова. Его царствование началось успешно, однако затем страну поразили неурожаи и страшный голод. Народная молва обвиняла нового царя в этих бедах, а также в причастности к гибели царевича Дмитрия, младшего сына Ивана Грозного.
Смута разразилась в полную силу после смерти Бориса в 1605 году. Его сын, юный Федор Борисович, царствовал лишь несколько недель и был свергнут и убит сторонниками Лжедмитрия I. С гибелью Федора пресеклась царская линия Годуновых.
Последующие годы, известные как Смутное время, стали чередой самозванцев, интервенции и разорения. Сын Бориса, Федор, пал жертвой этой борьбы. Казалось, род навсегда сошел с исторической сцены. Однако даже после избрания в 1613 году Михаила Романова, некоторые Годуновы, дальние родственники, сохранили свои вотчины и места при дворе, хотя уже никогда не поднимались до прежних высот. Их судьба после Смуты стала частью истории служилого дворянства, растворившись в общей массе знатных родов новой династии.